Die Leitung der RegiChile besteht aus zwei Gremien: Dem Ältestenrat (strategisch) und den Angestellten (operativ).

Der Ältestenrat ist in der RegiChile für die geistliche Leitung verantwortlich. Er versteht sich dabei als Ergänzung zur operativen Leitung durch die Angestellten. Die Aufgaben des Ältestenrates umfassen unter anderem: Lehrfragen, Gemeindevision, geistliche Schwerpunkte, Begleitung der Angestellten, Ältestengebet und Konfliktbearbeitung.

Zum Ältestenrat gehören: Andreas Spörri, Simon Meier und Daniel Meier sowie die zwei Angestellten: David Bagdasarianz und Nathanael Müller

Die Angestellten sind zusammen mit den Bereichsleitern in der RegiChile für die operative Führung zuständig. Die Angestellten entscheiden in den alltäglichen Belangen und führen die ehrenamtlichen Mitarbeiter. Die Bereichsleiter stehen einem Arbeitszweig vor und werden jeweils von einem Ältesten unterstützt.

Zu den Bereichsleitern gehören: Monika Hirzel, Leonie Krauer und Robert Ganz.